【基因学苑】生物信息培训VIP课程-带源码课件
资源名称：
【基因学苑】生物信息培训VIP课程-带源码课件
资源简介：
从该系列课程中精选一些生物信息分析中的常用技巧每一节课程很短，展示一个小技巧。
资源目录：
│课件.zip
│
├─01生物信息入门
│ 01生物信息入门.mp4
│
├─02Linux基础
│ 02Linux介绍.mp4
│ 03Linux基础.mp4
│ 04目录结构.mp4
│ 05文件操作1.mp4
│ 06文件操作2.mp4
│ 07编辑脚本.mp4
│ 08权限和任务管理.mp4
│
├─03生物软件及数据库
│ 09生物软件简介.mp4
│ 10安装已编译软件.mp4
│ 11源代码编译.mp4
│ 12环境配置.mp4
│ 13bioconda.mp4
│ 14腾讯云安装软件.mp4
│ 15虚拟环境.mp4
│ 16生物数据库管理.mp4
│
├─04illumina测序原理及数据处理
│ 17测序数据下载.mp4
│ 18了解测序这件事.mp4
│ 19illumina测序原理之建库.mp4
│ 20illumina测序原理之测序.mp4
│ 21fastq文件介绍.mp4
│ 22fastq文件处理.mp4
│ 23数据质控和过滤.mp4
│
├─05pacbio测序原理及数据处理
│ 24pacbio测序原理.mp4
│ 25pacbio数据处理.mp4
│
├─06nanopore测序原理及数据处理
│ 26nanopore测序原理.mp4
│ 27碱基识别.mp4
│ 28nanopore数据处理.mp4
│
├─07解决软件报错
│ 29解决软件报错.mp4
│
├─08新冠病毒数据分析
│ 30新冠病毒测序.mp4
│ 31下载新冠病毒基因组序列.mp4
│ 32下载新冠分析数据库.mp4
│ 33新冠病毒快速鉴定.mp4
│ 34新冠参考基因组拼接.mp4
│ 35新冠病毒拼接结果验证.mp4
│ 36拼接新冠病毒基因组.mp4
│ 37ArticNetWork流程.mp4
│
├─09构建系统发育树
│ 38构建系统发育树.mp4
│ 39iTol美化系统发育树.mp4
│ 40变种病毒识别.mp4
│
├─10二代基因组拼接
│ 41了解基因组拼接.mp4
│ 42基因组拼接原理.mp4
│ 43kmer估计基因组大小.mp4
│ 44二代测序拼接算法.mp4
│ 45二代测序拼接实战.mp4
│
├─11拼接结果统计及评估
│ 46fasta格式文件介绍与处理.mp4
│ 47quast评估.mp4
│ 48busco评估.mp4
│ 49tablet以及bandage评估.mp4
│
├─12基因组拼接探索
│ 50基因组拼接探索.mp4
│ 51混合拼接.mp4
│
├─13三代测序基因组拼接
│ 52pacbio及nanopore基因组拼接.mp4
│ 53组装结果纠错.mp4
│ 54细菌完成图.mp4
│ 55不同物种拼接练习.mp4
│
├─14基因组序列分析
│ 56原核生物基因预测.mp4
│ 57真核生物基因预测.mp4
│ 58基因功能注释.mp4
│ 59ncRNA分析.mp4
│ 60重复序列分析.mp4
│
├─15序列比对
│ 61blast比对.mp4
│ 62blast使用案例.mp4
│ 63全局比对.mp4
│
├─16共线性分析
│ 64共线性分析.mp4
│ 65MCScanX共线性分析.mp4
│
├─17基因家族分析
│ 66基因家族分析.mp4
│
├─18测序数据比对
│ 67测序数据比对.mp4
│ 68段序列比对练习.mp4
│ 69长读长序列比对.mp4
│ 70多重比对问题如何处理.mp4
│
├─19sam和bam文件处理
│ 71sam和bam格式文件介绍.mp4
│ 72sam和bam处理案例（上）.mp4
│ 73sam和bam处理案例（下）.mp4
│
├─20Linux高级操作
│ 74生物信息常用文件格式.mp4
│ 75正则表达式.mp4
│ 76文件搜索.mp4
│ 77文本筛选grep.mp4
│ 78文本编辑.mp4
│
├─21表格处理
│ 79cut-sort-uniq.mp4
│ 80表格处理awk.mp4
│ 81bioawk.mp4
│ 82csvtk.mp4
│ 83datamash.mp4
│
├─22shell编程
│ 84shell变量.mp4
│ 85shell循环.mp4
│ 86shell判断.mp4
│
├─23生物信息分析服务器简介
│ 87服务器简介.mp4
│ 88硬件选购.mp4
│ 89安装操作系统.mp4
│ 90选择RAID.mp4
│ 91设置云服务器.mp4
│ 92yum工具.mp4
│ 93磁盘操作.mp4
│
├─24生物信息分析平台搭建
│ 100配置R语言分析环境.mp4
│ 101安装网络应用.mp4
│ 94基础环境配置.mp4
│ 95升级centos-stream.mp4
│ 96重置服务器练习.mp4
│ 97用户管理.mp4
│ 98配置生物软件.mp4
│ 99配置生物数据库.mp4
│
├─25ubuntu系统配置
│ 102ubuntu系统配置.mp4
│ 103虚拟机安装ubuntu.mp4
│
├─26R语言基础入门
│ 104R语言简介.mp4
│ 105R语言以及Rstudio安装.mp4
│ 106rstudio设置.mp4
│ 107开始使用R.mp4
│ 108R环境设置.mp4
│ 109R包管理.mp4
│ 110文件操作.mp4
│
├─27R数据结构
│ 111向量.mp4
│ 112向量索引.mp4
│ 113矩阵.mp4
│ 114数据框.mp4
│ 115因子列表缺失数据.mp4
│
├─28R数据处理
│ 116数据处理.mp4
│ 117数据转换.mp4
│ 118随机抽样以及数据探索.mp4
│ 119分组计算以及数据透视表.mp4
│ 120tidyverse.mp4
│ 121dplyr数据处理.mp4
│
├─29R统计检验
│ 122独立性卡方检验.mp4
│ 123独立性t检验.mp4
│ 124相关性检验.mp4
│
├─30R统计建模
│ 125统计建模.mp4
│ 126购物篮分析.mp4
│ 127机器学习预测乳腺癌.mp4
│
├─31R基础绘图
│ 128R语言技巧.mp4
│ 129R基础绘图.mp4
│ 130直方图.mp4
│ 131饼图以及扇形图.mp4
│ 132条形图以及分组条形图.mp4
│ 133箱线图以及小提琴图.mp4
│ 134韦恩图.mp4
│ 135绘图布局.mp4
│
├─32ggplot2绘图
│ 136ggplot2绘图.mp4
│ 137ggplot2散点图直方图条形图.mp4
│ 138ggplot2分组条形图以及箱线图.mp4
│ 139ggplot2小提琴图以及主题设置.mp4
│ 140ggplot2扩展.mp4
│ 141科学文献绘图.mp4
│
├─33基因表达调控简介
│ 142基因表达调控.mp4
│ 143GEO数据库简介.mp4
│ 144关于基因的概念.mp4
│
├─34RNAseq概述
│ 145RNAseq简介.mp4
│ 146RNAseq原理.mp4
│ 147RNAseq建库方法.mp4
│ 148RNAseq不同测序平台比较.mp4
│ 149RNAseq定量方法.mp4
│
├─35RNAseq分析
│ 150RNAseq分析环境搭建.mp4
│ 151Bioconductor.mp4
│ 152下载参考序列.mp4
│ 153下载练习数据.mp4
│ 154数据质控过滤.mp4
│ 155hisat2建立索引.mp4
│ 156hisat2比对.mp4
│ 157featureCounts计数.mp4
│ 158STAR比对.mp4
│ 159HTSeq-count计数.mp4
│
├─36利用R分析RNAseq数据
│ 160DESeq2分析RNAseq数据.mp4
│ 161DESeq2练习.mp4
│ 162edgeR分析RNAseq数据.mp4
│ 163edgeR练习.mp4
│
├─37差异表达基因注释以及富集分析
│ 164差异表达基因功能注释.mp4
│ 165富集分析.mp4
│ 166注释富集练习.mp4
│ 167非模式生物注释富集.mp4
│ 168GSEA分析.mp4
│
├─38单细胞测序概述
│ 169单细胞测序概述.mp4
│ 170单细胞测序原理.mp4
│ 171_10xgenomics资源以及常见问题.mp4
│
├─39单细胞测序数据分析
│ 172单细胞分析环境搭建.mp4
│ 173利用cellranger分析单细胞数据.mp4
│ 174结果解读.mp4
│ 175LoupeBrowser.mp4
│ 176_10x练习数据.mp4
│
├─40利用Seurat分析单细胞数据
│ 177安装Seurat.mp4
│ 178Seurat读取数据.mp4
│ 179质控过滤以及标准化.mp4
│ 180聚类.mp4
│ 181细胞亚群分类.mp4
│ 182寻找marker基因以及细胞鉴定.mp4
│ 183Seurat练习.mp4
│
├─43空间转录组
│ 192空间转录组.mp4
│
├─44宏基因组简介
│ 193宏基因组简介.mp4
│ 194宏基因组建库测序.mp4
│
├─45宏基因组分析环境搭建
│ 195宏基因组分析环境搭建.mp4
│ 196国内镜像下载宏基因组数据库.mp4
│
├─46三代nanopore测序宏基因组数据分析
│ 197物种分类原理.mp4
│ 198centrifuge安装.mp4
│ 199centrifuge数据库.mp4
│ 200三代测序宏基因组物种分类鉴定.mp4
│ 201pavian结果可视化.mp4
│ 202物种分类练习.mp4
│
├─47临床病原微生物检测
│ 203临床样本病原微生物检测.mp4
│ 204批量进行致病菌鉴定.mp4
│
├─48二代宏基因组测序数据分析
│ 205二代宏基因组分析软件安装.mp4
│ 206二代宏基因组分析数据库下载.mp4
│ 207kneaddata质控.mp4
│ 208metaphlan物种分类.mp4
│ 209humann功能分析.mp4
│
├─49宏基因组分析结果可视化
│ 210megan物种分类结果可视化.mp4
│ 211stamp分组比较.mp4
│
├─50二代宏基因组拼接
│ 212二代宏基因组模拟数据拼接.mp4
│ 213二代宏基因组真实数据拼接.mp4
│
├─51三代纳米孔宏基因组拼接
│ 214三代纳米孔宏基因组拼接.mp4
│ 215nanopore模拟数据拼接.mp4
│ 216nanopore宏基因组真实数据拼接.mp4
│ 217纳米孔组装纠错.mp4
│
├─52宏基因组功能分析
│ 218宏基因组基因预测.mp4
│ 219cdhit去冗余.mp4
│ 220宏基因组基因功能注释.mp4
│ 221宏基因组定量分析.mp4
│
├─53metawrap分箱
│ 222metawrap分箱.mp4
│ 223metawrap配置.mp4
│ 224metawrap案例.mp4
│
├─54扩增子分析简介
│ 225扩增子测序简介.mp4
│ 226OTU还是ASV？.mp4
│ 227alpha和beta多样性.mp4
│ 228.16S分析环境搭建.mp4
│ 229metadata.mp4
│ 230探索16S序列.mp4
│
├─55利用qime2分析16S数据
│ 231qiime2简介.mp4
│ 232qiime2导入数据.mp4
│ 233qiime2实战.mp4
│ 234多样性分析.mp4
│ 235物种分类鉴定及可视化.mp4
│ 236不同组间丰度差异比较.mp4
│
├─56利用R分析16S数据
│ 237拆分barcode.mp4
│ 238利用dada2处理16S数据.mp4
│ 239dada2物种分类鉴定.mp4
│ 240dada2练习案例.mp4
│ 241利用phyloseq可视化结果.mp4
│ 242.16S功能分析.mp4
│
├─57人基因变异检测
│ 243人基因组分析简介.mp4
│ 244全基因组与外显子和panel测序.mp4
│ 245参考序列的影响.mp4
│ 246拼接与reads比对方法比较.mp4
│
├─58人基因组数据分析环境搭建
│ 247人基因组分析环境搭建.mp4
│ 248瓶中基因组.mp4
│
├─59二代测序变异检测
│ 249gatk简介.mp4
│ 250变异检测原理.mp4
│ 251生成bam.mp4
│ 252bam文件处理.mp4
│ 253gatk变异检测.mp4
│ 254外显子与panel数据分析.mp4
│ 255vcf文件.mp4
│ 256snp注释.mp4
│
├─60三代纳米孔变异检测
│ 257纳米孔测序变异检测原理.mp4
│ 258纳米孔数据比对.mp4
│ 259纳米孔测序SNP与SV检测.mp4
│
└─61igv变异可视化
260igv变异可视化.mp4
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